Gangguan alam yang sering menimpa tanaman nipah adalah angin dan banjir. Haiwan yang sering mengganggu tanaman nipah adalah babi hutan, monyet, tikus, larva kumbang artona, dan udang tanah. Penyakit yang biasa menyerang tanaman nipah adalah jamur. Tanaman nipah yang terserang penyakit jamur pertumbuhannya akan terganggu. Bila yang terserang jamur adalah tangkai buahnya, bidang sadapan akan cepat rosak dan membusuk, sehingga tidak dapat disadap lagi. Pencemaran jamur penyakit menyebabkan penurunan kualiti nira.